在城镇化快速发展过程中，也存在一些必须予以重视、须着力解决的突出矛盾和问题。
　　——城镇化进程与城镇化质量不同步。“十二五”期间，户籍人口城镇化率与常住人口城镇化率的差距由14.6个百分点扩大到16个百分点左右，400多万农村牧区进城人口未能享受城镇基本公共服务，约180多万矿区、林区、垦区城镇户籍人口没有享受到同等的城镇公共服务。“土地城镇化”快于“人口城镇化”，土地利用方式相对粗放。部分大中城市空置房屋数量较大，去库存任务繁重。市政公用设施建设落后于城镇发展，基础设施支撑保障能力较弱。水资源供需矛盾尖锐，部分城镇水资源开发利用率超过合理水平。产业发展与城镇发展不协调，多数开发区吸纳就业人口较少，县域城镇产业支撑能力不足。
　　——城镇体系发展不协调。由于地广人稀和地理因素的限制，城镇布局分散、相距较远，城市数量少、规模偏小，经济联系较弱，导致人口和城镇发展空间分布不匹配。西部地区资源型产业就业弹性较低，经济发展带来的人口集聚作用较弱；东部盟市经济发展相对落后，城镇化率比西部地区低17个百分点左右。中心城市辐射带动能力有待加强，区域服务职能相对较弱；中小城市实力弱，小城市和小城镇公共服务配给水平较低。城市形态发育不完善，城市群内部分工协作不够、集群效率不高。
　　——城镇规划、建设和管理水平总体不高。规划多以城镇向外拓展和新增建设用地为重点，忽视旧城区的有机更新和综合开发。城市规划前瞻性、严肃性、强制性和公开性不够，执行程度有待提高。民族文化特色、历史底蕴和自然环境在城市规划建设中体现不充分。各类地上、地下市政设施及相关配套设施往往不能做到“同步设计、同步建设、同步投入使用”，导致市政基础设施系统性较差。城市依法治理力度不够，存在违法建设现象。城市污水和垃圾处理能力不足，大气、水、土壤等环境污染加剧，部分大中城市交通拥堵等“城市病”逐步显现。 　　——城镇化体制机制仍然不健全。城乡分割的户籍管理、土地管理、社会保障以及财税金融、行政管理等制度，导致城乡利益失衡，制约着农牧业转移人口市民化和城乡发展一体化。土地登记确权工作还未全面开展，草原承包经营制度还需完善，推进农村牧区集体经济组织产权制度改革还处于设计阶段，城乡统一的户口制度尚未实现，林区、垦区企业职工和被征地农牧民、农牧民工等各类群体的养老、保险等制度还不够融合，制约了城镇化健康发展。城市管理体制条块纵横交错，政出多门，各自为政，使城镇整体功能难以得到发挥。 　　从发展阶段看，城镇化进入转型发展新阶段。我区城镇化已经进入加速发展阶段的后半期，城镇化演进速度将由递增转变为递减趋势。从发达国家城镇化发展的一般规律看，城镇化速度从高速增长转向中高速增长的时期，依靠低成本扩张的发展模式不可持续，各种城市病有可能集中爆发，城市社会矛盾触点多燃点低。必须自觉尊重、主动顺应城镇发展规律，统筹城乡协调发展，不断创新城镇发展方式，全面提升城镇规划建设管理水平，实现由主要追求量的增长向主要追求质的提高转变。
　　从城镇化发展的现实要求看，需要处理好亟待解决的矛盾和问题。城镇在全区发展大局中的地位举足轻重。面对我区城镇化进程中存在的诸多问题和挑战，必须着力处理好城镇发展与经济发展、城镇发展与农牧区发展、城镇发展与生态环境、城镇规模与承载能力、人口集聚与功能集聚、城镇扩张与提高空间利用效率等关系，加快建设和谐宜居、富有活力、各具特色的现代化城镇。
　　从自身条件看，城镇化转型发展的基础条件日趋成熟。改革开放特别是进入新世纪以来，内蒙古经济快速增长，为城镇化转型发展奠定了良好物质基础。通过着力推动基本公共服务均等化，为农牧业转移人口市民化和城乡协调发展创造了条件。交通运输网络的不断完善、节能环保等新技术的突破与应用，以及信息化的快速推进，为优化城镇空间布局和形态，推动城镇可持续发展提供了有力支撑。试点城镇在新型城镇化方面的改革探索，为创新体制机制积累了宝贵经验。